Здравствуйте.
Можно ли доработать функционал этого самого сервера, чтобы не запускать для апи отдельного
Про API не понял, но доработать функционал можно написав свой аддон к ember-cli. В сети есть примеры как это сделать. В сам модуль ember-cli лучше не править.
Так же хочу пояснить что ember-cli это не сервер клиент-серверного приложения в широком смысле. Ember-cli это такой функциональный сборщик, для разработки, сборки и тестов веб-приложения. Серверную сторону и клиентскую, лучше не объединять и хранить в разных репозиториях.