Пишу так
<?php echo exec('"C:\Tmp\file.exe"')?>
Ничего не выводится. Программа консольная, при простом запуске должна ругаться на отсутствие параметров. Уж как только не пробовал (exec, shell_exec, system) тишина и все.
Если так, то выводит имя компа...
<?php echo exec('whoami');?>
UPD: Решение
echo exec('file.exe 2>&1', $output);
var_dump($output);