данные для таблицы приходят аяксом или сама разметка с данными приходит аяксом?
если сама таблица, то активируй плагин после вставки таблицы в дом
если данные для таблицы, то см доки по плагину по работе с аяксом https://www.datatables.net/examples/data_sources/a...