transform: scale()
вычисляется от высоты и ширины самого блока. Например, если блок 50px на 50px, то
transform: scale(0.5)
уменьшит блок до 25px на 25px. А
transform: scale(0.5, 1)
уменьшит только ширину до 25px.
Так как у вас второй блок включает много элементов, его высота достаточно большая (10829px). Поэтому даже scale(0.99) будет равен 108.29px. (10829 - (10829 * 0.99) = 108.29).
Вам же надо классы присваивать каждому из элементов. Я сделал просто для всех параграфов (на практике лучше так не делать).
jsfiddle