Стоит выделить все роуты в отдельную папку и разбивать их по файлам. Для доступа к данным нужно какую-то оболочку написать, чтобы изменив базу данных или схему, это не повлияло на работу API. Всегда гуглите "лучшие практики", обычно люди деляться своим опытом с другими и этим можно пользоваться, чтобы не делать плохо :)
Вот например.