Запросы к виртуальному каталогу обрабатываются приложением по-умолчанию (DefaultAppPool).
Если виртуальный каталог преобразовать в приложение - то для обработки запросов к этому ресурсу можно создать и назначить свой пул прилложений с индивидуальными параметрами (например запуск приложения от определённой учётной записи и т.п.).