Наиболее простой вариант с использованием
waypoints.js.
Алгоритм действий примерно такой. Создаём окно, которое должно всплыть, позиционируем в нужном месте и вовсе скрываем. При вызове waypoints указываем в % от верхней части окна срабатывание скрипта (offset) и пишем код на добавление нужных для появления блока классов (например, анимацию).
Пример скрипта на js только что публиковали на тостере.
