Здравствуйте. Если в вашем my.cfg настроен так:
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
Тогда проверьте работу сервиса
mysqladmin -u root -p status
Если все ок, то возможно слетают права. Попробуйте исправить так
sudo chmod -R 755 /var/lib/mysql
Кстати, учитывая это https://en.m.wikipedia.org/wiki/Unix_domain_socket
можно попробовать следующее:
В my.cnf изменить
#bind-address = 127.0.0.1
На:
bind-address = localhost
После перезагрузить
sudo /etc/init.d/mysql restart