Если сервер умеет команды воспринимать - почему нет.
Но если сервер умеет считывать только строку параметров, он это сделает только один раз при запуске.
Обычно делают иначе - или IPC (interprocess communication), или сервер регулярно сам считывает конфигурационный файл, базу данных. Но без правки самого сервера, никак.