Всё просто - судя по всему вы переписали функцию закрытия: Close(). И вместо закрытия программы где-то там у вас программа сворачивается в трей, соответственно при выключении компьютера программа пробует закрыться, а на закрытие обработчик который закрытие блокирует.
Чтобы исправить можно воспользоваться
FormClosingEventArgs Classprivate void MyForm_FormClosing(object sender, FormClosingEventArgs e)
{
if (e.CloseReason != CloseReason.WindowsShutDown)
{
// Ваш код
}
}