Сейчас уже существует куча софта.
Простейший вариант - сдампить структуру с обоих баз и сравнить хоть diff-ом.
Вот здесь разные варианты, от простенького скрипта на сто строк до более серьезных решений.
Некоторые инструменты умеют сразу генерировать миграции. По моему DbVisualizer умеет.
