Все что лежит в vendor, должно загружаться самим композером, и он сам должен знать что и как написать (это описано в composer.json вендорного пакета). Вы лишь описываете в своем composer.json, какой пакет нужно подключить:
{
"require": {
"slim/slim": "2.*",
"twig/twig": "~1.18"
}
}
Неймспейсы
вашего проекта описываются в секции "autoload":
{
"autoload": {
"psr-4": {
"MyName\\MyProject\\": "application"
}
}
}
Такая запись указывает корневой (не знаю правильного термина) неймспейс для определенной папки. В данном случае в папке %PROJECT__ROOT%/application/ будут располагаться файлы с нейспейсами, начинающимися с MyName\MyProject\
Здесь я подробнее писал.