Все что лежит в vendor, должно загружаться самим композером, и он сам должен знать что и как написать (это описано в composer.json вендорного пакета). Вы лишь описываете в своем composer.json, какой пакет нужно подключить:
{
  "require": {
    "slim/slim": "2.*",
    "twig/twig": "~1.18"
  }
}
Неймспейсы 
вашего проекта описываются в секции "autoload":
{
  "autoload": {
    "psr-4": {
      "MyName\\MyProject\\": "application"
    }
  }
}
Такая запись указывает корневой (не знаю правильного термина) неймспейс для определенной папки. В данном случае в папке %PROJECT__ROOT%/application/ будут располагаться файлы с нейспейсами, начинающимися с MyName\MyProject\
Здесь я подробнее писал.