clock.setCountdown(true);
clock.setTime(3600);
В части зацикливания вам нужен callback на stop, который будет реинициировать часы.
Или можно в callback interval выставить то же значение, что и в setTime и при вызове делать повторную инициацию.
Все методы описаны тут:
flipclockjs.com
flipclockjs.com