1. скачиваем отсюда
www.ioncube.com/loaders.php версию под вашу ОС
2. разархивируем
3. в /etc/php.d создаем ioncube.ini, там прописываем:
zend_extension = <путь куда распаковали архив>/ioncube_loader_lin_<версия php>.so
то есть, если php 5.6.14 - версия php 5.6. узнать можно командой в консоли php -v