Суть npm и package.json в том, что версии пакета фиксируются и при повторном развёртывании гарантировано совпадают с тем, что у вас прописано в файле.
Если вас не устраивает такое положение вещей, то указывайте версии в соответствии с семантикой: например, "1.1.*", "1.0.0 - 1.2.0" или "*".
Подробнее про версионирование: https://docs.npmjs.com/misc/semver, https://docs.npmjs.com/getting-started/semantic-ve... и semver.npmjs.com