А в чем проблема удалить все? У вас же остаются исходники, а галп их собирает за миллисекунды.
Есть вариант с выделением папки под зарендаренные Jade, и последующая очистка их через:
gulp-clean
Второй вариант сделать самописный плагин к gulp, который проверяет все html файлы и если не найдет их .jade аналог, то затрет