Да, практически все используют, начиная от sqlite, h2, mysql, postgres и заканчивая oracle, sybase, mssql, teradata и прочими радостями жизни.
Весь вопрос - подключить правильный драйвер, да для генерации указать диалект.
Ну а базу выбирают под задачу, также под задачу и переезжают с одних баз данных на другие.
У меня в свое время в проекте аж одновременно три базы использовалось hsql, mysql и sybase.