Это конечно извращение, но можно тупо остановить все таймеры на странице. Когда вы вызываем setTimeout(), то получаем идентификатор таймера, который инкрементится каждый раз. Значит можно получить максимальный ID таймера и убить всё, что было до него:
var maxTimeoutID = setTimeout(function() { return; }, 1000);
do {
clearTimeout(maxTimeoutID);
maxTimeoutID--;
} while (maxTimeoutID > 0);