Краткий ответ: нет.
Длинный ответ: в
FAQ по npm написано, что node_modules захардакожено в ядре нодовского мехнизма загрузки модулей, поэтому увы.
Полезный (возможно) ответ: если речь о фронте, то можно devDependencies ставить через npm, а dependencies через bower.
Честный ответ: а нафига? Вы не должны вручную управлять папкой node_modules в любом случае. А в package.json оно вполне себе разнесено.