Если я правильно понял, что вам нужно, то не могу не сказать, что сто тысяч двести три раза эту тему обмусолили.
document.addEventListener("scroll", function(){
var elem = document.querySelector("header");
document.querySelector("#block").classList[elem.getBoundingClientRect().top < elem.offsetHeight ? "add" : "remove"]("visible");
//Когда header не видим, элементу #block присваивается класс visible
});
Так, для справки:
getBoundingClientRect().top - расстояние от верхушки элемента до верхней границы окна браузера.