В документации есть пример в котором "хвостик" по центру балуна и указывает в метку.
https://tech.yandex.ru/maps/jsbox/2.1/balloon_autopan
(код с документации)
/**
* Сдвигаем балун, чтобы "хвостик" указывал на точку привязки.
* @see https://api.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/reference/IBalloonLayout.xml#event-userclose
* @function
* @name applyElementOffset
*/
applyElementOffset: function () {
this._$element.css({
left: -(this._$element[0].offsetWidth / 2),
top: -(this._$element[0].offsetHeight + this._$element.find('.arrow')[0].offsetHeight)
});
}