<li>one</li>
<li class>two</li> <!-- class пустой, потому что все классы этому элементу были удалены !-->
<li>three</li>
var but = document.querySelectorAll('ul li'),
activity = '<li class>two</li>';
console.log(but.indexOf(activity);
var ul = document.querySelector('ul'),
elem = ul.querySelector('[class]');
console.log([].indexOf.call(ul.children, elem));