Используйте WinSCP, там можно задать сервера и папки для синхронизации. Скажем при появлении файлов в локальной папке, пройтись по всем забитым в настройках серверам и синхронизировать, либо просто отправить файл туда.
Поддерживает в том числе и SFTP, удобна.