Google bot уже научился рендерить JS, одно из моих SPA без серверного рендеринга он проиндексировал, и оно спокойно живет в выдаче (хотя, полагаю, что приоритет он всё-таки отдает сайтам со стандартным html с сервера).
Но не рекомендую успокаиваться с этой мыслью, потому что сниппет из вопроса —это дорога в ад. Будущее — это isomorphic / universal javascript. И начальный html должен прилетать на клиента с сервера. Поэтому на вопрос как исправить ситуацию ответ такой: перестать делать `$("head").append`, и начинать вникать в современные подходы к веб-разработке.