Могу предположить, что в первой строке вы удаляете папку, а во второй скопировать папку с именем __папка__.zip, которой нет (но есть некий zip архив). Может не хватает имени файла, например: system('cp '+directory+filename+'.zip ../tmp')
не,архив называется так же как и директория,по этому тут правильно. в ручную отдельно это же делается а так нет. Был косяк с mkdir и chdir в после цикла они не работают,а после нормально.