Есть 2 варианта:
1) папка с файлом .htaccess:
order deny,allow
deny from all
2) если нет возможности создавать и/или использовать файл .htaccess, то можно так:
Файл с доступом:
define("_DEFX", 1);
Файл без доступа (в самом начале):
defined("_DEFX") || die();