Попытаюсь сократить ваш текст: для одних таблиц вам нужна репликация master-master, для других - master-slave, если конечно я правильно понял. Давайте обсудим вот это:
> Репликация MS SQL - очень сложен в настройке
Ну сложен видимо потому, что поддерживает много различных сценариев. Почему решили, что свой велосипед будет работать лучше? Тем более вы ж не СУБД выбираете, она у вас уже установлена и работает.
Есть конечно и сторонний софт, например
www.symmetricds.org, но весьма вероятно все шишки от его использования разгребовать вам же.