Если вопрос о том, как хранить эти данные в базе, то схема стандартная: id, parent_id. Корневой элемент в вашем случае - страна, у нее parent_id будет null.
Предположим, у Днепропетровской области id = 3, тогда у всех предков, то есть городов, которые входят в её состав, parent_id будет 3. Соответственно, чтобы выбрать их, нужно сделать запрос вида:
SELECT * FROM table WHERE parent_id = 3