А зачем? Вся соль пакетных менеджеров, что ты не знаешь, что там внутри и тебе плевать. require('jquery') (или define(['jquery'])) подключит ровно то, что нужно, и не больше. В девелоперской версии подключать минифицированные версии библиотек -- себя не уважать. А на продакшене все равно все должно быть склеено в один файл и сжато.
Я согласен, что в пакетах бывает многовато мусора, и мало кто прописывает .npmignore. Тут все в наших руках, шлем пулл-реквесты.