Во-первых: iframe youtbe тормозит браузер, не вставляйте на главной хотя бы, а если все таки хотите, то в виде изображения, чтоб при клике картинка заменялась плеером.
Во-вторых: зачем рядом вставлять блок, когда iframe можно прямо в блок вставить и сделать вокруг рамку? Конечно картинка перекроет, ведь у него z-index: over 1000, можете установить для iframe position: relative и z-index: больше чем у блока, который перекрывает его или сделать более правильно.