1. Я создаю в проекте модуль. Новые файлы появляются в родительской директории modules и в web/app. Т.е. если я скопирую эти папки в другой yii проект, то они буду работать также? Насчет объявления модуля в web.php я знаю.
2. Когда стоит создавать модули, а когда не стоит выносить в модули? И вообще, есть какие-нибудь "заморочки", когда работаешь с модулями?
1. да будут
2. модуль - это самодостаточная единица, которую удобно переносить из проекта в проект, но с ними есть ряд сложностей, связанных как раз с отсутствие связей с приложением.
Поэтому модули нужны, только когда они полностью оторваны от остальной логики. Их функционал используется, а они не трогают другие компоненты, модели и т.д.
Чаще не стоит, чем стоит. Например, модуль комментариев, лучше реализовать как виджет, модуль статей, как контролер. Сложно придумать, когда надо. Например, Вы сделали CMS и реализовали возможность подключения сторонних модулей, через какой-то инсталлер. При этом лучше использовать модули.
На самом деле все зависит от логики, которую Вы туда заложите и связей в ней с приложением. Если связей нет - делайте модуль