Странно что не ложиться на модели ember-data, а как вы их храните если не в БД?
Как вариант добавьте поле configs к user в котором и храните все нужные настройки. В БД это поле может быть text/json на крайний случай.
Получить нужные данные до инициализации приложения можно через initializer
Ember.Application.initializer({
name: 'appBootstrap',
initialize: function(container, app) {
app.deferReadiness(); //Останавливаем инициализацию
Ember.$.ajax("urlToData").then(function(data) {
//Делаем нужные дела с data
//Положить данные в store можно так
var store = container.lookup('store:main');
store.pushPayload('data', data);
app.advanceReadiness(); //Продолжаем загрузку
});
}
});
В своих приложения я использую
ember-simple-auth. Доступ к настройкам получаю через session.user.configs