Да, подключение файлов не влияет на пространства имен. То есть если вы подключаете файл, в котором пространство имен File, из пространства имен Index, то оно и останется File.
Соответственно __NAMESPACE__ выводит к какому пространству имен относится выполняемый код.
Что до вашей задачи, подключаемые файлы ничего не должны знать о том, кто их подключает. Просто смиритесь с этим фактом (задачу решить можно но кастылями со стэком вызовов и извращениями). Да и вообще, используйте PSR-4 и автозагрузку и прекратите все вручную реквайрить. А еще лучше используйте Composer.
