У бутстрапа из коробки есть есть файл
theme.less - это и есть пример того как кастомизировать бутстрап. Кастомизировать только через variables.less все не получится.
В итоге у нас получится два файла стилей
- bootstrap.css
- theme.css
далее сливаем их в один style.css и минифицируем через какой нибудь
refresh-sf.com (сливает одинаковые селекторы в один)
Примерная структура
-- web
---- bower
------ bootstrap
---- less // тема
------ variables.less
------ theme.less
---- css
------ theme.css
------ style.css
------ style.min.css