При создании карты в options есть поле controls — массив с именами возможных слоёв управления.
var myMap = new ymaps.Map('map', {
center: [55.74954, 37.621587],
zoom: 10,
controls: []
});
Просто указываете пустой массив — никаких элементов управления не будет. При желании можно вписать названия. Узнать их имена можно
вот здесь.