Собственно сабж. Нашел только один способ:
SITE_ROOT = os.path.realpath(os.path.dirname(__file__))
TEMPLATE_DIRS = ( os.path.join(SITE_ROOT, 'templates'),)
Но тогда джанго ищет темплейты в папках templates или на уровне аппа или в своих папках, а как заставить его искать на уровне проекта, я не додумался.