В автоматическом режиме:
Malwarebytes antimalware, Zemana, Hitman Pro
В ручном:
AVZ, uVS, Autoruns
Конечно, утилит намного больше, практически каждый вендор имеет свою автономную утилиту, но эти я использую регулярно и вполне им доверяю. Больше информации - virusinfo.info, comss.ru.