а что вы там хотите кастомизировать? workflow? или отдельные типы багов завести со своими workflow?
если Вы собираетесь использовать тфс только для отслеживания багов, то на мой взгляд разворачивать для этого тфс уж слишком накладно. если Вы у себя в разработке юзаете тфс, то дайте к нему доступ заказчику через vpn или юзайте vs online. пусть заводит баги.
а если задача именно на стороне заказчика просто баги вести, то я бы обошелся bugzilla. просто, а главное решает свои задачи.