При insert ignore автоинкрементный id по умолчанию увеличивается в таблицах innodb.
Поправить это можно с помощью параметра innodb_autoinc_lock_mode но с деградацией производительности.
В целом это не проблема, если Ваш код требует неразрывности id - вы скорее всего что то делаете не так.