Зависит от шифра. Простейший код:
static void Encrypt(string pathToFile)
{
byte[] bytes = File.ReadAllBytes(pathToFile);
for (int i = 0; i < bytes.Length; i++)
{
bytes[i] = (byte)(bytes[i] + 128);
}
File.WriteAllBytes(pathToFile,bytes);
}
Этот же метод дешифрует файл.
Upd. Пардон за выравнивание, можно глянуть тут:
pastebin.com/uq9kSptp