Вы тоже хотите сделать мега быстрой копировщик файлов? Как-то видел подобный вопрос на форуме. А если же серьезно и вы действительно хотите сделать работу с кучей файлов, то в зависимости от системы надо юзать асинхронный ввод-вывод, реализации зависят от системы, но можно использовать и универсальные функции типа libevent, boost::asio и т.д. И это будет лучшим решением, на каждый HDD запускать свой обработчик событий и вперед. Ну а большое кол-во потоков тут ничем не поможет, IOPS от этого выше не станет, увеличивайте IOPS, кэшируйте в памяти.