Скорее всего проблема из-за того что smart.filter'у для построения списка свойств, требуется определить текущий раздел ИБ, потому что набор свойств он формирует именно относительно раздела, а т.к. поиск находится скорее всего по адресу /catalog/?q=ПОИСКОВЫЙЗАПРОС, то никакой раздел не находится.
Лучше посмотреть в маркетплейсе готовые фильтры, они гораздо лучше стандартного, и лишены этого недостатка.