Однозначно C#, подавляющее большинство разработчиков использует его, все классы движка написаны на нём, все плагины написаны на нём. Не так давно
в блоге Unity разработчики движка объявили, что в первую очередь будут поддерживать именно C#. Кроме того, если вы будете работать не один, то ваши скрипты на js будут доставлять много головной боли другим программистам, которые, опять-таки, скорее всего будут писать на C#. Так или иначе, учить язык придётся, благо
это не так сложно.