Уже решил сам. Решение кривое, но в условиях жесткого дедлайна выбирать не приходится, к тому же это окно временное, приуроченное к событию и через пару дней мне его снимать.
Для тех, кто как и я столкнется с этой проблемой, вот решение:
$('#myModal').on('hidden.bs.modal', function () {
$('#myModal .modal-body').html('');
});
Это мы очищаем окно. Но в таком случае, при повторном открытии нас ждет пустота. А так же при открытии окна, оно дергается из за полосы прокрутки. Решаем это таким способом:
$(".modal").on("show.bs.modal", function(){
$('#myModal .modal-body').html('<iframe><i>Фрейм с вашим видео из youtubе</i></iframe');
var $bodyWidth = $("body").width();
$("body").css({'overflow-y': "hidden"}).css({'padding-right': ($("body").width()-$bodyWidth)});
});
$(".modal").on("hidden.bs.modal", function(){
$("body").css({'padding-right': "0", 'overflow-y': "auto"});
});