Конкатенация и прочее нужны для уменьшения количества HTTP запросов и связанных с этим блокировок, задержек и прочего веселья.
На сервере это все не нужно. Скрипт загружается в память и там остается пока вы не убъете сервер. Далее JIT все будет оптимизировать дальше.
Единственное что может быть, если модули реквайрятся там где они нужны, а не при инициализации модуля. В этом случае в силу синхронной работы CommonJS могут быть проблемы если модуль еще никем не загружался. Но уж точно конкетенацией делу не поможешь.
Простой