Если предположить, что в таблице users есть поля id и username, в которых хранятся, соответственно, ID и имя пользователя, то запрос выглядит так:
SELECT
COUNT(DISTINCT u1.id) first_level_refs_count,
COUNT(DISTINCT u2.id) second_level_refs_count,
COUNT(DISTINCT u3.id) third_level_refs_count
FROM users u1
LEFT JOIN users u2 ON u2.ref = u1.username
LEFT JOIN users u3 ON u3.ref = u2.username
WHERE u1.ref = ?
first_level_refs_count - количество рефералов первого уровня
second_level_refs_count - количество рефералов второго уровня
third_level_refs_count - количество рефералов третьего уровня