Я думаю вопрост стоит не между MySQL и MongoDB а между SQL и No-SQL. Или между MySQL, SQLite, MS SQL, Oracle, ... и MongoDB, ElasticSearch, CouchDB, RavenDB, ...
Я так понимаю вы хотите создать аналог социальных комментариев которые можно инетгрировать в дугие сайты.
Я бы использовал SQL базу так как в данном случае структура данных статичная и вряд ли будет расширятся или менятся. Объемы тоже позволяют сделать быструю систему на SQL базе.
С другой стороны если бы я хотел максимальной производительности при минимальных серверных ресурсах, я бы использовал no-SQL а именно ElasticSearch.