Как правильно сделать сайт внутри? То есть допустим я хорошо владею HTML, CSS, JavaScript, PHP и еще разные познания в этой области и даже опыт имеется. Как правильно липить сайт? С чего начинать и как он должен быть устроен? Может есть где нибудь статьи по этому поводу? Сразу скажу сайт на Ajax, музыкальный. Мне не нужно ничего про визуализацию и интерфейс и про то, что сайт должен быть легким, понятными и бла бла бла. Это уже все знают! Мне нужна информация о внутренней структуре, то есть например я считаю, что начать делать сайт нужно с регистрации, но так ли это? И лучше сначала оформление сделать или потом?
Если будете делать на базе какого-то фреймворка/cms/cmf - тогда можете либо с backend начать, либо шаблон для этой системы пилить, если же с нуля пишете - вновь таки либо с backend без какого-либо оформления вообще (судя по AJAX вам всего лишь API нужно предоставить), либо сверстать статическую страницу, и потом менять её части на динамику.
Судя по вопросу с нуля вам писать категорически не рекомендую. Возьмите какую-нибудь систему готовую, начните верстку на нее натягивать.
