Ajenti, фактически, не более чем обычное приложение с точки зрения Apache. А mod_python — не единственный способ запускать приложения на python. Рекомендую вам посмотреть на mod_wsgi. А
вот эта статья позволила мне запустить на корневом хосте — сайта под управлением Django, а на виртуальных хостах — на php (в частности phpmyadmin).
А если Apache не поддаётся, рекомендовал бы вам ещё посмотреть в сторону
Gunicorn — замечательный Python WSGI HTTP-сервер для разных UNIX'ов.