Пишут, что это очень-очень нужные системе папки, и macOS их все равно восстановит, бо они нужны для работы. Вероятно, не единственный процесс способен на такое, а в нескольких точках разные службы могут интересоваться наличием дефолтных папок, и создавать при их отсутствии.
Предлагают просто скрыть их из Finder'a:
chflags hidden ~/Movies
chflags hidden ~/Music
chflags hidden ~/Pictures